Ilja Mečnikov, dobitnik Nobelove nagrade za medicinu 1908. godine, jedan od osnivača imunologije, proučavao je povezanost bakterijskih kultura mlečnih napitaka i zdravlja creva i otkrio da ove bakterije uspešno uništavaju bacile u debelom crevu. Pomenuta sličnost između kefira i jogurta, jer u oba slučaja se radi o fermentisanim mlečnim napicima, tu se negde i završava pošto  bakterije iz jogurta jednostavno prođu kroz naš organizam, dok se bakterije kefira naseljavaju u crevnoj flori i čiste organizam od štetnih materija. Kefir poseduje više vrsta bakterija i gljivica i ima ih u većem broju – nekih milijardu, naspram sto miliona kod jogurta. Lakše se vari, njegovi mikroorganizmi  razlažu laktozu, što ga čini preporučljivim za trudnice i decu, a zbog njegovog ubrzavanja metabolizma dobar je i za smanjivanje viška telesne težine.
Novija istraživanja pokazuju da poremećaj funkcionisanja crevne flore, osim različitih probavnih smetnji, mogu izazvati i ozbiljne neurološke probleme, tako da je čišćenje i održavanje ovog sistema, u čemu kefir ima svoju pozitivnu ulogu, od izuzetnog značaja.
Proučavanje lekovitih svojstava kefira tokom prve polovine XX veka ograničilo se uglavnom na Rusiju i istočnu Evropu, da bi se kasnije raširilo po čitavom svetu. Istraživanja su brojna i ko zna do kakvih će još rezultata doći, ali ono što se zna je da kefir:
-    ojačava imuni sistem
-    čisti crevnu floru od štetnih materija i obnavlja je
-    deluje kao prirodni antibiotik
-    smanjuje holesterol
-    ublažava tegobe želuca, čir i gastritis
-    sprečava ubrzano starenje
-    smanjuje visok holesterol
-    poboljšava probavu i funkcionisanje mokraćnih kanala
-    smanjuje neke upalne bolesti (reuma i artritis)
-    povoljno deluje na osobe sa smanjenom tolerancijom na laktozu
Smatra se, takođe, da pomaže u borbi protiv rasta malignih ćelija, a jedno istraživanje navodno tvrdi da kefir može ćelije raka u stomaku da natera na samouništenje.
Naravno, kefir nije lek sam  po sebi, ali je zdrav i prirodan način da pomognemo sebi i svojim bližnjima.